Seperti halnya kerajaan pada umumnya, kerajaan Majapahit juga memiliki ibukota. Ibukota Majapahit sendiri sudah tiga kali berpindah tempat. Ketiganya terjadi di masa pemerintahan yang berbeda – beda, antara lain:
1. Pemerintahan Raden Wijaya
Raden Wijaya memerintah sampai tahun 1305 Masehi. Pada masa ini, ibukota Majapahit terletak di pelabuhan Canggu - Mojokerto. Tepatnya adalah di sebuah delta dari sebuah bengawan. Istana Majapahit pada jaman ini terletak menghadap bengawan tersebut. Sehingga istana ini memiliki pemandangan yang sangat menarik.2. Pemerintahan Jayanegara
Masa pemerintahan Jayanegara adalah pada kisaran tahun 1305 - 1478 Masehi. Pada masa ini, pusat pemerintahannya terletak di Desa Trowulan. Desa ini terletak di perbatasan kota Mojokerto dan Jombang.3. Pemerintahan Dinasti Girindrawardhana
Masa pemerintahan ini dimulai dari berkuasa Bhre Hyang Purwawisesa pada 1478 masehi dan berakhir pada 1519 Masehi ketika Dyah Rana Wijaya turun tahta. Pada masa keluarga bangsawan ini, ibukota kerajaan ini terletak di wilayah Kediri.
Walaupun sepertinya ada banyak versi mengenai hal ini, namun sebagian besar antropologis, arkeolog, ilmuwan, dan ahli budaya percaya bahwa letak kerajaan Majapahit yang sebenarnya adalah di daerah Trowulan dan sekitarnya. Sebab, di daerah ini lah yang paling banyak ditemukan benda – benda yang berhubungan dengan kerajaan ini, misalnya artefak, prasasti, dan berbagai konstruksi bangunan seperti candi – candi, makam, maupun gapura.
Dengan banyaknya penemuan tersebut, pemerintah pun menetapkan desa Trowulan sebagai situs cagar budaya. Semua warga tidak boleh sembarangan mendirikan bangunan di atas desa ini dan sekitarnya agar tidak mempersulit proses penggalian dan pencarian sisa – sisa kerajaan Majapahit lainnya. Selain itu, konstruksi bangunan yang terlalu kuat dikawatirkan juga dapat merusak benda – benda peninggalan lain yang masih terkubur.
Meskipun demikian, hal ini tidak menutup kemungkinan bahwa letak kerajaan Majapahit berada di kawasan lain. Buktinya, pada 2008 lalu, tim peneliti menemukan banyak tembok dan sumur di kota Kediri. Di lokasi yang sama, banyak pula ditemukan benda – benda seperti guci dan tembikar. Bisa jadi, kota Kediri ini juga memang pernah menjadi pusat kerajaan Majapahit.